午夜12點，在繁華都市的一個小角落，一家食堂才剛剛開始營業。這家深夜食堂的老板(小林薰 飾)雖然臉上帶著傷疤，卻是一個溫情且廚藝精湛的男人。雖然小店里的菜譜很簡單，但是只要是客人想吃的都可以點，所以小店備受底層小市民的喜愛。延續第一季的風格，深夜食堂里每晚都上演一個耐人尋味的故事，每個故事的主角都有自己鐘愛的一款美食。特別值得一提，第一季曾出現的紅色香腸再度登場，其中埋藏多年的往事隨之揭曉，曾經的故人再度聚首，又展開了一個嶄新的溫情故事……